小型秸稈顆粒機生產的顆粒燃料的原料主要是農作物，因此有人就提出疑問：寶貴的糧食來制造顆粒燃料不是浪費嗎？制成顆粒燃料的農作物只要是指農作物的莖稈等廢料，而非人們通常食用的果實。在最初接觸顆粒燃料時，容易產生以下誤區：

1）與糧爭地的誤區。小型秸稈顆粒機生產的原料，可以利用不宜種植農作物的荒地、坡地、改良后的鹽堿地，還可利用休、閑土地，完全可以做到不與生產糧食爭地。

2）與人爭糧的誤區。甜高梁、甘薯、木薯、秸桿、甘蔗都可以作為小型秸稈顆粒機生產顆粒燃料的原料。各種廢油、油菜籽都可以用來生產生物柴油。生物質能將起到一個糧食安全平衡器的作用。

3）技術不成熟的誤區。生物發酵技術，是我國生物技術中與國外差距最小的技術，燃料乙醇的技術已達到先進水平，生物柴油技術也已經進入研發產業化階段，沼氣技術已經應用多年并取得很大成績，秸桿綜合利用的技術也已取得了重大突破。秸稈顆粒機的改進可以降低成本，而且顆粒燃料比煤炭要安全，是一個非常大的能源。

4）生產成本高的誤區。顆粒是成本較低的能源之一，生產過程安全，不破壞原料內的營養成分。